Remdesivir u liječenju COVID-19
2. svibnja 2020.
What’s New in ID April-June 2020. – Travanj-Lipanj 2020.
8. svibnja 2020.
Interpretacija dijagnostičkih testova za SARS-CoV-2
Sethuraman N, Jeremiah SS, Ryo A. Interpreting Diagnostic Tests for SARS-CoV-2. JAMA. Published online May 06, 2020. doi:10.1001/jama.2020.8259
Viewpoint članak
Ovaj kratki članak opisuje način interpretiranja dvije vrste dijagnostičkih testova najčešće korištenih za SARS-CoV-2 infekcije – lančana reakcija polimerazom reverznom transkripcijom (RT-PCR) te IgM i IgG imunoenzimski test (ELISA) – te opisuje načine na koji se rezultati mogu mijenjati kroz vrijeme.
Otkrivanje virusne RNK uz pomoć RT-PCR
- Do sada je najčešće korištena i najpouzdanija pretraga za dijagnozu COVID-19 bio RT-PCR test iz uzoraka brisa nazofarinksa, orofarinksa, uzoraka sline i drugih
- Iako različiti proizvođači koriste različite gene, najčešći ciljni geni su jedan ili više gena ovojnice (env), nukleokapside (N), šiljka (S), RNK ovisne RNK polimeraze (RdRp) ili ORF1 gen; osjetljivost različitih testova na individualne gene je usporediva
- Kod većine pojedinaca sa simptomatskom COVID-19 infekcijom, virusna RNK iz brisa nazofarinksa mjerena pragom ciklusa (Ct) može se otkriti već prvi dan nastanka simptoma te vrhunac doseže tijekom prvog tjedna bolesti
- Ct je broj ciklusa potreban za dobivanje fluorescentnog signala, što znači da nizak Ct broj znači veća količina virusne RNK; Ct <40 klinički se tumači kao pozitivan PCR test
- Pozitivnost se smanjuje od 3. tjedna te se RNK postupno ne može dokazati, no Ct vrijednosti teških slučajeva su niže od vrijednosti blagih slučajeva te PCR pozitivnost može trajati i dulje od 3 tjedna
- Pozitivan PCR test je dokaz prisutnost RNK te ne znači nužno prisutnost živog virusa
- Kod nekih slučajeva virusna se RNK mogla dokazati i 6 tjedana nakon prvog pozitivnog testa te postoji nekoliko slučajeva kod kojih je test bio pozitivan nakon 2 uzastopna negativna testa u razmaku od 24 sata; nejasno je radi li se o lažno pozitivnom testu, reinfekciji ili reaktivaciji
- U istraživanju na 9 ispitanika s blagom bolešću pokušaj izolacije virusa iz uzorka gornjih dišnih puteva nakon 8. dana bolesti bio je neuspješan (op. prev.), što korelira sa smanjenjem zaraznosti nakon 1. tjedna
- To saznanje podržava strategiju CDC „zasnovanu na simptomima“ koja nalaže kako se zdravstveni djelatnici mogu vratiti na posao u slučaju da barem 72 sata nemaju vrućicu i simptome te da je prošlo 10 dana od prvog dana simptoma
- Otkriveno je da su vremenski okviri perzistencije PCR pozitivnosti u sputumu i stolici slični
- PCR pozitivnost iz uzorka sputuma sporije opada od PCR pozitivnosti iz uzorka nazofarinksa
- PCR pozitivnost u stolici primjećena je kod 57% zaraženih pojedinaca te je medijan trajanja pozitivnosti bio čak 4 – 11 dana nakon negativizacije uzorka nazofarinksa, no nije bila povezana s kliničkom težinom bolesti
- U studiji od 205 ispitanika, RT-PCR pozitivnost bila je najviša za bronhoalveolarni lavat (93%), zatim za sputum (72%), bris nosa (63%) te bris farinksa (32%)
- rezultati su lažno negativni uglavnom zbog neispravnog vremena uzorkovanja u odnosu na početak bolesti te loše tehnike uzorkovanja, osobito brisa nazofarinksa, dok je specifičnost testova gotovo 100% zbog primer-a specifičnih za gensku sekvencu SARS-CoV-2
Otkrivanje protutijela na SARS-COV-2
- COVID-19 infekcija se može dokazati neizravno putem imunološkog odgovora domaćina na SARS-CoV-2; takva metoda je važna za bolesnike s blagom i srednje teškom bolešću koji se prezentiraju 2 tjedna nakon nastanka simptoma
- Serološka dijagnoza je važna za mjerenje rasprostranjenosti COVID-19 u populaciji te za identifikaciju pojedinaca koji su imuni i potencijalno zaštićeni od ponovne infekcije
- Najosjetljiviji i najraniji serološki pokazatelj su ukupna protutijela čija se razina povisuje od drugog tjedna trajanja simptoma; iako su IgM i IgG ELISA pokazali prisutnost čak 4. dan bolesti, više razine se pojavljuju u 2. i 3. tjednu bolesti
- To i sur. dokazali su kako se serokonverzija događa u 100% bolesnika između 3. i 4. tjedna bolesti, dok se to kod Xiang i sur. dogodilo u 85% bolesnika
- IgM postiže niže razine u 5. tjednu bolesti, a gotovo nestaje do 7. tjedna, dok IgG perzistira i nakon toga
- Prvih 5.5 dana kvantitativni PCR ima višu stopu pozitivnih rezultata, dok nakon 5.5 dana IgM ELISA ima višu stopu pozitivnosti
- ELISA testovi na IgM i IgG protutijela imaju specifičnost višu od 95% za dijagnosticiranje COVID-19
- Većina se protutijela stvara na NC kao najrasprostranjeniji protein virusa, stoga najosjetljiviji su testovi na protutijela koja su usmjerena na protein NC; protutijela na receptorsku domenu S (RBD-S) su ona preko kojih se virus spaja na stanice domaćina, stoga su protutijela na protein RBD-S specifičnija te se pretpostavlja da su neutralizirajuća; korištenje oba antigena u testovima bi rezultiralo visokom osjetljivošću, no postoji mogućnost ukrižene reaktivnosti s protutijelima na SARS-CoV i ostale coronaviruse
- Razvijeni su brojni brzi testovi za otkrivanje protutijela, no ovi testovi su po tipu kvalitativni te mogu govoriti samo o prisutnosti ili odsutnosti protutijela
- Pokazalo se da visoki titar IgG korelira sa prisutnošću neutralizirajućih protutijela, no trajanje i učinkovitost ovih protutijela još nisu poznati
Zaključci
- Većina dostupnih podataka odnosi se na odrasle imunokompetentne bolesnike
- Vremensko trajanje PCR pozitivnosti i serokonverzije mogu se razlikovati za djecu i druge skupine, uključujući veliki broj asimptomatskih pojedinaca
- Upitno je trajanje imunosti kod simptomatskih i asimptomatskih pojedinaca zaraženih sa SARS-CoV-2
